Đảo Robinson Crusoe có địa hình đồi núi nhấp nhô, được hình thành bởi dòng dung nham cổ xưa tích tụ từ nhiều đợt phun trào núi lửa. Điểm cao nhất trên đảo là núi lửa El Yunque cao 915 mét (3.002 ft) so với mực nước biển. Xói mòn mạnh mẽ đã dẫn đến sự hình thành của các thung lũng dốc và các khối núi. Một bán đảo hẹp được hình thành ở phía tây nam của hòn đảo có tên Cordón Escarpado. Nằm về ngoài khơi phía tây nam là đảo Santa Clara.[6]

Đảo Robinson Crusoe nằm ở phía tây trên ranh giới giữa mảng Nazca và mảng Nam Mỹ, và hình thành từ dưới đại dương cách đây 3,8 - 4,2 triệu năm trước. Vụ phun trào núi lửa El Yunque trên đảo đã được báo cáo vào năm 1743, nhưng sự kiện này không chắc chắn. Vào ngày 20 tháng 2 năm 1835, một vụ phun trào khác kéo dài một ngày bắt đầu từ một lỗ thông khí của núi lửa ngầm cách đảo 1,6 km (1,0 dặm) về phía bắc của Punta Bacalao. Nó khá nhỏ khi chỉ số bùng nổ núi lửa chỉ đạt mức số 1 nhưng sau đó nó đã gây ra một vụ nổ cùng với sóng thần.